Įdomioji biologija. DNR skyrimas

Nuo šio įrašo, kas dešimtasis įrašas bus skyrelis „Įdomioji biologija“. Šiame skyrelyje rašysiu apie tai, ką darau pati, įvairius mikroorganizmų panaudojimus, ligas ir t.t. Taip pat galite siūlyti ir savas temas komentaruose apačioje.

Taigi šį kartą ir bus mano pirmasis (ir tikrai ne vienintelis) įrašas apie tai, ką darau laboratorijoje. Nuotraukos yra darytos mano pačios, todėl prie kokybės nesikabinėkit :D

Kodėl pradedu būtent nuo to? Nes tai yra pradinis tyrimų, kuriuos atlieku, etapas. Bakterijos, su kuriomis dirbu, yra nekultivuojamos, t.y., neatrastos tokios sąlygos, kuriomis galima jas užsiauginti laboratorijoje. Todėl reikia išsiskirti DNR, kad galėtume identifikuoti jas ir daryti tolimesnius tyrimus. Kadangi kol kas neįmanoma užsiauginti grynos kultūros, šių bakterijų DNR išskirinėjama kartu su organizmų, kuriuose jos veisiasi, DNR. Aš pati dirbu su bakterijomis, besiveisiančiomis vabzdžiuose.

Pradžioje pasiruošiame lizės ir precipitacijos tirpalus. Vabzdžiai yra saugomi spirite, todėl prieš metant juos į lizės tirpalą, reikia šiek tiek padžiovinti, kad išgaruotų etanolis.

Vabzdžiai sumetami į lizės tirpalą ir gerai sutrinami. Lizės tirpale yra fermentų ir medžiagų, kurie skaido ląstelių sieneles ir membranas. Tokiu būdu, ląstelių turinys išbėga į tirpalą.


Po to, kai mėginys gerai sutrinamas, mėgintuvėliai laikomi 65°C temperatūroje, kadangi tai yra optimali naudojamų fermentų veikimo temperatūra. Palaikius keliolika minučių į mėginius įpilama chloroformo. Ši medžiaga padės atskirti DNR nuo kitų ląstelės komponentų. Įpylus chloroformo, mėgintuvėlius būtina pavartyti 3-5 kartus, kad būtų gautas homogeniškas (vientisas) mėginys. Po vieno karto, kai to nepadariau, įsitikinau, kodėl tai yra labai svarbu :D Mėgintuvėliai sudedami į centrifugą.

Po centrifugavimo išimti mėginiai atrodo maždaug taip (jeigu nepavartai mėgintuvėlių, išsiskiria dar keli papildomi sluoksniai, ko neturėtų būti).

Apatiniame sluoksnyje yra įvairūs ląstelių komponentai. Tarp viršutinio ir apatinio sluoksnių yra matomos šiukšlės – vabzdžių atveju tai pagrinde yra chitininė vabzdžio danga. Mus labiausiai domina viršutinis, vandeninis sluoksnis, kadangi jame bus ištirpusi DNR. Automatinės pipetės pagalba vandeninis sluoksnis yra nusiurbiamas ir perkeliamas į precipitacijos tirpalą.

Precipitacijos tirpale yra medžiagų (daugiausiai įvairių teigiamų metalų jonų), kurios neutralizuoja neigiamą DNR krūvį, šitaip leisdamos jai iškristi į nuosėdas ir nusėsti ant mėgintuvėlio dugno. Mėgintuvėliai švelniai supurtomi purtyklėje ir vėl centrifuguojami.


Dabar jau ištraukus mėginius iš centrifugos ant dugno yra matomos nedidelės DNR nuosėdos (deja, bet jų nufotografuoti taip, kad matytųsi praktiškai neįmanoma. Jos kiekis yra maždaug toks, koks yra taškas sakinio gale).
Iš mėgintuvėlių išsiurbiamas visas skystis, paliekama tik pati DNR. Kad būtų galima ją išsaugoti ilgesniam laikui ir eksperimentus tęsti vėliau, ji ištirpinama druskos tirpale ir užpilama šaltu spiritu. Ją galima saugiai laikyti šaldiklyje apie kelias savaites ir DNR savo kokybės nepraras.

Kol kas tiek. Vėliau būtinai pratęsiu istoriją, kas yra daroma su ja toliau.

Iki kito susitikimo :)

chekas

Informacijos šaltiniai:
  • "Fermentas" ruošto modulio Nr. 3 "Nukleorūgščių grynimas" p. 5-9
P.S. All foreign readers are now able to translate a blog with a button on the right side of the blog :)

Komentarų nėra:

Rašyti komentarą

Follow by Email